Girit’teki isyanların bastırılamamasının temel sebeplerinden biri, Osmanlı hükümetinin isyancıları yakalayıp yakalayıp Yunanistan’a teslim etmesidir. Haydar Emin Alpagut, “Girit İhtilali” isimli eserinde şöyle demektedir: “Resmo civarında teslim olan eşkıyadan 320 Yunanlı, İzzettin ve Eseri Cedit vapurlarıyla Selamis’e götürüldü. Geri kalan 620 Yunanlı da yabancı vapurlara bindirilerek gönderildi. 14 Şubat’ta (1867) Talia vapuru Girit’e doğru gelen şüpheli bir gemi gördü. Biraz yaklaşınca bunun Yunan bayraklı Panteleon vapuru olduğunu anladı. Muayene için durmasını temin için kurusıkı bir atış yaptı. Yunan gemisi alabanda yapıp kaçmağa koyuldu. Talia hızını artırıp peşine düştü. Serigo adası pek yakındı. Kaçan gemi bu adanın limanına girdi. Bu vaziyette abluka altına da girmiş oldu. Daha sonra öğrenildiği gibi içinde 330 gönüllü asi vardı. Bu abluka devam edebilseydi kontrabatçılardan biri eksilecekti. Yunan hükümetiyle ihtilaf çıkarmaktan içtinap eden [çekinen] hükümetin emriyle vapurumuz Girit’e avdet etti [döndü]. Görülen odur ki; yapılan antlaşmalar tatbike konduk da hep aleyhimize netice veren davranışlar tevdi etmektedir.”
1867’deki isyanda, Girit’in meşhur kalelerinden Resmo civarında Erkadi adlı manastır Miralay Korneos tarafından karargâh olarak kullanılmaktaydı. Mustafa Paşa 6 tabur askerle bu manastır önüne geldi. İsyancıları teslime davet etti. Kabul edilmeyince hücuma geçildi. Yola dinamit döşemiş olan isyancılar bu lağımı patlatınca büyük bir zayiat meydana geldi. 3 tabur daha takviye gelince asiler dağılmaya başladı. Her biri bir yana kaçtı. 400 adedi sahilde denize girerek pek yakındaki Rus filosunun gemilerine kapağı attılar.
Bu isyanlar sırasında istihbaratın ehemmiyeti net bir şekilde ortaya çıktı. Bu hususta çok zayıf kalınmıştı. İsyana hazırlık ve isyancıların yetiştirilmesi önceden haber alınmış olsaydı, ona göre tertibat alınır ve hadiselerin büyümesi engellenebilirdi.
Girit’teki isyanlar donanmanın ehemmiyetini gözler önüne serdi. İsyanlar peş peşe geldikçe, adadaki Müslüman ahali ve askerlerimiz adeta muhasara altında kalmış gibiydi. Savaşmak için silah ve cephane, yaşamak içinse erzak gelmesi şarttı. Ancak yeterli sayıda gemimiz yoktu. Girit’e sefer yapan gemilerin çoğunun makine ve kazanlarındaki arızalar yerinde tamir edilemiyor, İstanbul’a gidiyordu. Girit’e sefer yapan gemiler kömür tedarikinde büyük problemler yaşıyordu. Gerek Anadolu gerekse Rumeli filosuna bağlı gemilerimiz kömürsüz kalıyorlar, komutanlar İstanbul’u telgraf yağmuruna tutuyorlardı. Öte yandan Malta, Korfu ve Şıra adaları Şehbenderlikleri vasıtasıyla İngiliz kömürünü satın aldığımız tüccarlarsa Yunanlı idi. Bu adalardaki kömürler, bu tüccarlar tarafından pazarlandığından kömürü satıp parayı aldıktan sonra nakliye işini elinden geldiği kadar geciktirmeye çalışıyorlar ve bunda da bizim gemilerin faaliyetini sabote etmek suretiyle haylice aksatmış oluyorlardı. Girit’te isyancılarla muharebe devam ederken, abluka filomuz son derece kısıtlı imkânlarla, yetersiz sayıdaki gemilerle, kaçak olarak adaya çıkarılmak istenen gönüllüleri menetmeye çalışırken, hükümetin bin bir güçlükle tedarik ettiği kömürleri taşıyan yelkenli gemilerin bir kısmı ya korsan baskınıyla, ya fırtınalara yakalanıp batıyordu. İstanbul hükümeti isyanı bastırmak için bu şekilde zor şartlarda mücadele ederken, Yunanistan, arkasındaki devletlerin de desteğiyle gayet süratli gemiler alıyor, bu gemilerle Girit’e gönüllü, silah ve erzak sevk ediyordu.
Yunanistan, Girit isyanları esnasında birçok adayı silah ve kaçak gönüllü deposu ve yuvası olarak kullanmıştır. Bu adalardan biri de Şıra adasıydı. 1867’deki isyanda bu ada ve civarında pek çok Yunan gemisi ele geçirilmiştir. Haziran 1867’de İstanbul’a gelmekte olan vapurlarımızdan biri, Yunan bayraklı bir trandili durdurup arama yaptı. Barut yüklü olduğunu görünce Şıra’dan hareket etmiş olan bu gemiyi İstanbul’a götürdü. İçinden 750 varil barut ve bir hayli tüfek çıkınca bu gemiye el konulup Tophane’ye teslim edildi. Sonraları Şıra’dan hareket eden barut yüklü birçok gemi daha yakalanmıştır.
1867’deki isyan, Serdar-ı Ekrem Ömer Paşa ile Deniz Kuvvetler Kumandanı Vesim Paşa’nın uyum içinde çalışmasıyla bastırılmıştır. Bu başarı, üçlü çeteyi (İngiltere, Fransa ve Rusya) müthiş rahatsız etmiş, bunlar basit hadiseleri bahane ederek Osmanlı donanmasını Nevarin’deki gibi imha etmekle tehdit etmişlerdir. Fransız filosu kumandanı; Ömer Paşa’nın muhasara ettiği asileri cezalandırmaya kalkıştığı takdirde Hanya’yı topa tutacağını söylemiştir. Kocaları asiler tarafından vahşi işkencelerle şehit edilmiş beş on Müslüman kadının, Kandiye’de birkaç Rum’a gösterdikleri sert tepki üzerine Rus kumandan küstahça bir ifadeyle şehri topa tutacağını söylemiştir.
